• едната за вдигане на въстание 

• другата против въстанието

Най-горещ привърженик на идеята за въстание е председателят на Битолския револ. окръг Атанас Лозанчев, според който Организацията трябва колкото се може по-бързо да обяви въстание, защото османските власти предприемали масирани действия по разгромяването на комитетската мрежа. Подкрепян от Иван Гарванов, той успява да убеди колебаещите се делегати и конгресът единодушно взема решение за въстание. 

След Солунския конгрес Ив. Гарванов идва в София и запознава останалите дейци, намиращи се в България, с решенията на конгреса. Оформят се три мнения: 

 категорично против въстанието 

 подкрепа на солунското решение 

 против повсеместните действия, а за преминаване към нападателни четнически действия и динамитни атентати. 

В крайна сметка всички се обединяват около компромисната идея не за всеобщо въстание, а за въстанически действия само в някои райони, придружени със силни партизански действия в останалите части на Македония и Одринско. 

На 17 април в с. Смилево е свикан конгрес на Битолския революционен окръг. Избира се Главен Щаб и щабове, които да ръководят отделните райони. Към Битолския главен щаб са избрани Даме Груев, Борис Сарафов и Атанас Лозанчев. За всеки район е определен и по един български офицер за военен ръководител. Точната дата трябвало да бъде определена от Главния щаб някъде през лятото.

Докато заседава конгресът в Смилево, в Солун се извършват знаменитите Солунски атентати. Група младежи, известни като "гемиджиите" извършват серия от атентати, давайки предимство на индивидуалните действия и тероризма. Намирайки се под влияние на анархизма, те считат, че въстание е невъзможно да освободи Македония. В Солун са взривени:

• фр. пътнически кораб "Гвадилкивир"

• ж.п. линията Солун-Цариград 

• клона на Отоман Банк в Солун и др. 

Преждевременните действия на гемиджиите нанасят тежък удар върху подготовката на въстанието, защото османските власти предприемат тежки ответни репресионни действия. 

В тази обстановка на 1 юли Главният щаб решава въстанието да започне на 20 юли (2 август) – празника на св. пророк Илия. 

На връх Илинден, 20 юли, Главният щаб се намира под село Смилево, Битолско. Привечер селският свещеник освещава коприненото знаме на въстаниците и над 200 въстаника нападат гарнизона в с. Смилево. Така се поставя началото на въстанието, обхванало масово целия Битолски революционен окръг. Европейските консули в Битоля, Солун и др. македонски градове подробно информират правителствата си за избухването на въстание. 

Ето какво съобщава австроунгар. консул Август Карл на министъра на външните работи за началото на въстанието: "Настана това, което от няколко дни ставаше все по-вероятно: българското въстание започна! Сега става ясно колко е погрешно мнението на ония, които вярваха, че е преминала македонската опасност за въстание, че реформите са примирили населението и т.н., докато революционната подготовка никога не е била прекъсвана и тя показа днес значителни успехи".

Въпреки героичната борба на въстаниците многократно превъзхождащата сила на противника и липсата на адекватна реакция на Великите сили, постепенно сломяват съпротивата на въстаналите българи. Към края на септември въстанието е почти навсякъде потушено. Равносметката от въстанието в Македония и Одринско е трагична. Опожарените села са 201, 4694 души са избити; обезчестени са 3122 жени и девойки; без покрив над главата остават 70 835 души, а 30 000 емигрират в България.

Пораженията на въстанието включват и сериозния удар срещу ВМОРО. Организационната мрежа е разпокъсана, много видни ръководители загиват в борбата, забелязва се известна деморализация в средите на ръководните кадри.

Европейската дипломация извлича от Илинденското въстание свои заключения, които водят до активизиране на политиката на реформи в Македония. Затова в края на септември 1903 г. в Мюрцщег се срещат държавните глави на "най-заинтересованите" сили – цар Николай ІІ и кайзер Франц-Йозеф. По време на съвещанията им е връчен меморандум от англ. правителство, в което се поставя въпросът, дали планът за реформи не би могъл да бъде проведен върху по-широка основа. Лондон предлага в Македония да се назначи генерал-губернатор християнин или ако се запази генерал-губернатора – мюсюлманин – към него да бъде прикрепен съветник европеец. Решенията от Мюрцщег, предадени на осм. правителство на 2 окт. 1903 г. в Истанбул от посланиците на Русия и Австро-Унгария са компромис между интересите на Австро-Унгария и Русия, от една страна, и тези на Англия, Франция и Италия, от друга. В общи линии отделните разпоредби на новата програма гласят следното:

1. за контрол по прилагането на реформите към генералния инспектор Хилми паша да бъдат прикрепени по един цивилен агент от Австро-Унгария и Русия; 

2. реорганизация на жандармерията; 

3. териториалните граници на административните окръзи в Македония да се определят наново с цел цялостно групиране на отделните народности; 

4. подпомагане на развитието на локални автономии ; 

5. създаване на смесени (християнско-мюсюлмански) комисии за разследване на извършените по време на въстанието нарушения; 

6.         Османското правителство да предостави необходимите финансови средства за:

-          връщане на избягалите християни по родните им места

-          подпомагане на християните, понесли щети в следствие въстанието

-          възстановяване на разрушените черкви, къщи и училища

7.         репатрираните селяни да бъдат освободени от данъци за една година; 

8.         незабавно въвеждане на гореспоменатите реформи; 

9.         тъй като повечето от извършените изстъпления срещу християните са извършени от нередовна войска за бъдеще да не се допуска формирането на такива отряди.

 През юни 1908 г. в Ревел се срещат руският цар император Николай ІІ и англ. крал Едуард VІІ. На тази среща те изработват нов проект за реформи в Османската империя. Целта е извоюване на автономия на християнските провинции на империята.

През юли същата година група млади турски офицери извършват преврат и обявяват всички народности в Османската империя за равноправни. Всъщност истинската причина за преврата е страхът от налагането на радикални реформи от Великите сили. За да демонстрират пред Европа, че Младотурската революция е дело не само на турците, "реформаторите" правят всичко възможно да спечелят на своя страна и българското население в Македония заедно с ВМРО. Част от ВМРО – Сандански, Чернопеев и приближените до тях – установява тесни връзки с младотурското управление. На 11 авг. 1908 г. ЦК на ВМРО издава специално окръжно, в което нарежда четите да се легализират, но да запазят организираността и оръжието си.

Осигурили си международно признание, младотурците бързо забравят своите обещания към българското население. През 1909 г. са забранени политическите партии на българите, създадени след Хуриета. Арестувани са някои видни революционери. ВМРО отново възобновява дейността си.

След погромите от Илинденското въстание и неоправданите очаквания от Хуриета Македонският въпрос се изостря до крайна степен. За България и целокупният български народ става все по-ясно, че разрешаването му би се осъществило само при пряката намеса на Свободна България. Така все по-ясно се очертава пътят към Балканската война.