В началото на 90-те години югославската федерация мъчително се разпада. На 8 септември 1991 г. в Съюзна република Македония се провежда референдум за независимост, на който подавляващотомнозинство от населението гласува за отделяне, но също и за включване при необходимост в нова съюзна държава на южнославянска основа. (Мнозина виждат в тази формулировка, одобрена от референдума, възможност за уния между двете същински южнославянски държави, в които живее един и същи народ – Р България и Македония). На 18 септември 1994 г., точно 106 г. след Съединението на Княжество България и Източна Румелия, е провъзгласена независимостта на Р Македония. Два месеца по-късно е приета нейната конституция, с което приключва началния етап на еманципирането й. На 15 януари 1992 г. България първа в света призна новата държава. Тя дори впоследствие съдейства за признаването на Македония и от други държави – какъвто беше случая с Русия. Но Македония все още има проблеми с международното й признаване – от такова естество е конфликта й с Р Гърция по отношение името "Македония". Гръцката страна настоява за това, че новата македонска държава не може да се нарича "Македония", защото голяма част от Северна Гърция носи това название, а и гърците претендират, че македонското наследство и история им принадлежат. Вследствие на това и до сега Македонската държава членува в ООН под името F.Y.R.M., т.е. Бивша Югославска Република Македония. 

СРЮгославия не бързаше да се раздели с бившето сръбско владение. Опасността от окупация на Македония от поделенията на югоармията продължи до тяхното изтегляне, а и по-късно сръбските военни части нееднократно бяха съсредоточавани в близост до граничната линия или дори я нарушаваха. От Белград отказаха също така да признаят общата граница, дълга около 250 км., под предлог, че тя не е точно определена и маркирана. Едва през април 1996 г. е подписана спогодба за нормализиране на отношенията между двете държави, предвиждаща започване на преговори по граничния проблем. Пет месеца по-късно е сформирана комисия с такова предназначение и започва работа за окончателно разграничаване на Сърбия от земите окупирани от нея през 1912-13 г. Скоро след това споровете по отдавнашни сръбски аспирации блокират работата на комисията. Кой знае, дали след войната за Косово много от сръбските претенции няма да се окажат напразни. 

Твърде тревожен за развитието на РМакедония е и проблема с албанското малцинство, което настоява за все повече самостоятелност. Така съвременната форма на македонския въпрос придобива все по-"албански привкус". 

Вече почти век протича процес на парцелиране на Македония от балканските народи. Днес пет държави владеят дялове от нейната територия. Историята на поставянето на трайни граници между тези дялове показва, че с променянето им, с местенето им не може и не бива излишно да се експериментира, защото резултатите обикновено са трагични за самите Балкани. Отварянето им е изходът от стагниращото противопоставяне. А някъде най-добре би било границите изобщо да изчезнат. Може би през ХХІ век. 

Край.