При встъпването на България в Първата световна война през 1915 г. повече от 30 хил. българи дезертират от сръб. армия и около 11 хил. от гръцката армия и постъпват като доброволци в българската армия. Заедно с бежанците от Македония населението в освободените райони се бие в редовете на българската армия в защита на обединена България. След капитулацията на България и подписването на Солунското примирие (19 септември 1918 г) в Егейска и Вардарска Македония е възстановен съответно гръцкия и сръбския режим. Терорът, репресиите и избиването на македонските българи става повсеместно явление. 

Процесът на образуване на Сърбо-хърватско-словенското кралство се съпровожда от усилия за включване към кралството и на другите две части на Македония. Македонските българи повеждат борба срещу тези опити. Временното представителство на обединената бивша ВМОРО чрез своя представител на Парижката мирна конференция 1919-1920 г. пледира за автономна Македония. Изпълнителният комитет на македонските братства в България също се обявява за автономна Македония, макар да смята, че обединението с България е най-правилното решение на въпроса. От името на ВМРО Тодор Александров и Александър Протогеров изпращат мемоар до представителите на Великите сили на Парижката конференция с искане Македония да се запази неделима и да не се оставя под властта на Сърбия и Гърция. 

Делегацията на СХС кралство на конференцията предявява претенции за българ. територии по протежение на българо-сръбската граница с обща площ около 12 000 км2 и население около 500 хил. души. Сръбското правителство се противопоставя на искането на македонските българи за автономия и издигат идеята за обединение на цяла Македония с кралство СХС. 

Въпреки ясно изразената воля на македонските българи да не бъдат откъснати от България или най-малкото Македония да бъде обособена като отделна автономна единица на Балканите под гаранцията на Великите сили, на Париж. мирна конференция държавите – победителки утвърждават разделянето на Македония между Сърбия и Гърция. По силата на Ньойския мирен договор от 1919 г. от България са отнети Струмишката област(1021 км2) и Западните покрайнини с Цариброд и Босилеград (1566 км2) и са предадени на Сърбия.

 Въпреки че подписват договори за малцинствата, за осигуряване на свободно национално-културно развитие на населението във Вардарска и Егейска Македония, сръбските и гръцките управляващи среди още в първите години на войната провеждат политика на грубо потъпкване на българския национален елемент в Егейска и Вардарска Македония. Гръцките правителствени кръгове за разлика от сръбските признават наличието на българско население в Егейския Македония, но твърдят, че това са гърци повлияни от българската религиозно-просветна пропаганда. По силата на гръцко-българската конвенция за доброволна размяна на население от ноември 1919 г. многобройно българско население е принудено да напусне завинаги родните си земи в Егейска Македония – факт, който довежда до възникването на отделен бежански въпрос по онова време. 

Сръбските управляващи среди отричат съществуването на българи и др. националности във Вардарска Македония и вместо покровителство спрямо тях се прилага системна денационализация. Македонските българи са причислени към "правите сърби", а името Македония е официално забранено и заменено с "Южна Сърбия". Закрити са всички български училища, църкви, читалища и библиотеки. Забранени са българската реч, периодичния и ежедневния печат и българските книги в Македония. С цел да се ускори и улесни асимилацията на вардарските българи, започва колонизиране на сръбски семейства. В отговор на великосръбските планове поробените българи изработват свои тайни революционни и културни програми за запазване на българската националност, език и култура.