Гърция и Сърбия, напротив, повеждат една планомерна политика на денационализация и асимилация на българския народ в Македония. Името Македония изчезва. То е забранено. Егейска Македония е обявена за Северна Гърция, а Вардарска Македония за Южна Сърбия. В Гърция българите официално са обявени за гърци или "българогласни елини", а в Сърбия – за "прави сърби". Известно е становището на сръбския политик Никола Пашич, че на базата на близостта между българи и сърби Македония може да бъде сърбизирана само за 10 години. Част от учителите са уволнени или принудени да емигрират в България. На голяма част от учителите дори им е отказано да останат по родните си места като обикновени граждани под предлог, че щели да бъдат агенти на българската пропаганда. По подобен начин се постъпва и със свещениците.

В Егейска и Вардарска Македония местните власти започва една кампания за унищожаване и заличаване на всички български културни и архитектурни паметници. Под предлог, че укрепват и реставрират старите храмове, голяма част от българските надписи в черквите са изчукани, замазани и изписани отгоре на сръбски или гръцки. Например камбаните на черквата "Свети Пантелеймон" в гр. Велес са свалени и отнесени в Сърбия. На въпроса на местните хора, защо се прави това, сръбският чиновник им отговаря: "Защото техният звън беше български". 

След повторното си настаняване в Македония след 1918 г. сръбските власти възобновяват преименуването на населението. Подобно преименуване гърците са извършили още след 1913 г. Смяна на българското окончание на фамилните имена "-ов" и "-ев" със сръбското окончание "-ич" или гръцкото "-ис", "-ос". В черквите има списъци, по които задължително се кръщават новородените деца. Естествено, в списъците имената са само сръбски или гръцки. 

За да променят етническия състав на Македония, Атина и Белград започват да преселват колонисти. 

На българското население в Егейска и Вардарска Македония не му остава друг начин да защити своето право на съществуване, освен да прибегне отново до въоръжения протест. 

След излизането на България от Първата световна война на 29 септември 1918 г., македонската емиграция в България, обезпокоена от лошата перспектива, пред която отново е изправена Македония, се раздвижва. Активизират се и по-голямата част от старите революционни кадри на ВМРО. За съжаление емиграцията и революционерите и този път не успяват да се обединят върху една платформа за бъдещето на Македония. Причините за разделението са донякъде идейни, но до голяма степен те са на основата на стари лични отношения между дейците. Преобладаващата част от македонската емиграция е обединена около Изпълнителния комитет на Македонските братства. Македонските братства определят две основни начала в дейността си: 

1. Неделимост на Македония и 

2. Нейното присъединяване към общото отечество България. 

През м. април 1919 г. ИК на братствата изпраща обширен мемоар до Парижката мирна конференция, в който, давайки множество факти за българската национална принадлежност на по-голямата част от населението в Македония, се настоява тя да бъде присъединена към България. Ако това е невъзможно, в мемоара се препоръчва от Македония да бъде създадена една независима държава, но в никакъв случай да не бъде отново разпокъсвана. 

Отделно от Македонските братства се обособява една група дейци предимно от Серския революционен окръг, сред които се забелязват Димо Хаджидимов, Георги Скрижовски, Чудомир Кантарджиев и др. бивши отявлени привърженици на Сандански. През м. март 1919 г. те учредяват т.нар. "Временно представителство на бившата ВМРО" начело с Гьорче Петров. Още от самото начало дейците му се обявяват бъдещето на Македония да се реши в рамките на една автономия. 

Непосредствено след пробива на фронта при Добро поле Тодор Александров събира около себе си някои стари войводи и се започва възстановяването на ВМРО. 

Старият Централен комитет на Организацията, избран чрез писмено разбирателство между дейците още през 1911 г. влиза във функциите си. Промяната е тази, че мястото на Христо Чернопеев, който е убит на Южния фронт като български офицер, се заема от резервния член ген. Александър Протогеров. 

Още преди подписването на мирния договор с България ВМРО вече се готви за първите акции в Македония. 

До пролетта на 1920 г. във Вардарска Македония минават няколко по-малобройни чети. Тяхната задача е повече разузнавателна и пропагандна. Създават се бази на територията на Вардарска Македония и се уреждат канали за връзка с България. 

През това време Т. Александров заминава за Италия, откъдето трябва да осигури оръжие и да води разговори с водачите на албанската съпротива в Косово. Разговорите с албанците са успешни, защото по-късно през ноември 1920 г. между ВМРО и Албанската революционна организация е подписан протокол от четири точки, в който се уточнява, че ВМРО и Албанската революционна организация ще си сътрудничат в борбата за освобождението на българите в Македония и на албанците в Косово и Чамурия. Уточнена е и границата между Албания и бъдеща независима Македония, като Охрид, Струга и Ресен са признати за изключително български и се предвижда да останат в границите на Македония, а за гр. Дебър се предлага да бъде проведен плебисцит. 

Споразумението с Албанския комитет е от изключителна важност за ВМРО. В общия фронт срещу сърбите са необходими съюзници, а в Албания се изграждат бази за дейност в Западна Македония. 

В Егейска Македония още от самото начало ВМРО прилага съвсем различна тактика. Там се избягва въобще масовото организиране. Основна задача на Организацията е да бъде съхранен българският елемент. Там ВМРО действа много внимателно, за да не се предизвикат излишни репресии върху населението и да се предпази то от принудително изселване в България. 

Сръбските вестници вдигат голям шум и обвиняват правителството, че не е способно да се справи с "бугарашите". Като отговор може би на тези обвинения от страна на пресата, правителството в Белград обявява награда от 100 000 динара за този, който убие или залови Тодор Александров. С това обаче още един път демонстрира своето безсилие. 

Още от м. януари 1923 г. ВМРО предприема ново настъпление във Вардарска Македония. Основният удар на четите този път е насочен към селата, в които са настанени сръбски колонисти. Това не е случайно. Сърбите, идващи като заселници в Македония, отнемат най-хубавите земи на българските селяни. От друга страна колонистите се явяват една естествена опора на сръбския механизъм за асимилация на българите в Македония, а също така те са основния контингент на сръбските контрачети, които преследват дейците на ВМРО и тормозят населението. 

Най-голямото нападение е на 16 януари върху с. Кадрафаково, Светиниколско. Това е единствената акция на ВМРО, когато са нападнати и убити случайни хора. Преди нападението обаче колонистите на няколко пъти са били предупреждавани да напуснат Македония. Настъпва известно стъписване сред желаещите да се заселят в Македония сърби. 

В началото на юни 1923 г. четническите акции рязко намаляват. По това време земеделското правителство на Александър Стамболийски в България е свалено с преврат. ВМРО, която до тогава е в конфликт с това правителство, се стреми да не дава поводи на Сърбия, която подкрепя сваления Стамболийски, да окупира части от България, за което настояват някои сръбски политици. 

Както е известно между земеделското правителство на Ал. Стамболийски и ВМРО възниква сериозен конфликт. 

След края на Първата световна война у някои среди в българското общество, предимно тези, които са били против участието на България във войната, настъпва определено озлобление към всички, които са допринесли за участието на българския народ в нея. 

Озлоблението на земеделците след идването им на власт се изражда на моменти в краен нихилизъм. На представителите на интелигенцията, офицерството, а и на македонските дейци се гледа като на виновници за националната катастрофа. 

Най-сериозната причина за конфликта, възникнал между ВМРО и БЗНС, е външната политика на земеделското правителство. Основна насока във външната политика на Ал. Стамболийски е осигуряването за България на излаз на Бяло море. При провеждането на тази си политика Стамболийски разчита на евентуална подкрепа от страна на Сърбия, която също се стреми към подобен излаз по долината на р. Вардар. Естествено, една подобна политика на сближение със Сърбия е съпроводена с отстъпки по отношение на българските интереси в Македония. Това ВМРО не може да приеме. ВМРО всъщност се явява като пречка според Стамболийски за провеждане на неговата политика спрямо Сърбия. Затова той се опитва да елиминира ВМРО и легалните македонски организации, а също и привличайки на своя страна някои македонски дейци, чрез които се правят опити да се влияе върху македонските среди.