Като спонтанен протест срещу решенията на Берлинския конгрес в България започват да се създават комитетите "Единство", чиято задача е подготовката на въстание в Македония, с което да се демонстрира пред Великите сили желанието на българското население в Македония да се обедини с току-що създаденото Княжество България. Наред с подготовката за въстание от много места в Македония населението изпраща стотици писма, петиции, декларации, с които изразява своя протест срещу оставането му отново под турска власт. На 20 май 1878 г. до консулите на Великите сили в Солун е изпратен подпечатаният от името на 21 български общини и други обществени и културно-просветни организации Мемоар на българските църковно-училищни общини в Македония. 

Европа остава глуха за молбите на българите в Македония и на тях не им остава нищо друго освен да вземат отново оръжието. 

В края на септември 1878 г. повечето войводи се събират в Горна Джумая на войводско събрание и на него те съгласуват подробностите около предстоящото въстание. За главен войвода е признат Стоян войвода. На 5 октомври 400 въстаници нападат турските войски при Кресненските ханове и ги разбиват. Разложката околия е второто огнище на въстанието. Численото превъзходство на турците и бездействието на европейските държави предрешават изхода на въстанието. Същевременно между ръководителите на въстанието избухват противоречия, които завършват с убийството на Стоян Карастоилов. Към края на 1878 въстанието е удавено в кръв. 

Въпреки разпокъсването на българ. земи по силата на Берлин. договор съзнанието за национално единство, утвърдено през епохата на Възраждането, остава непокътнато. За Учредителното Събрание, свикано в Търново през 1879, и българите от Македония и Одринско изпращат свои представители. Неразделността на българската нация е отразена в Търновската конституция, а чл. 39 определя Бълг. екзархия като общонационален институт, който осигурява духовното единство на всички българи (независимо от изкуствено разделящите ги политически граници). 

Потушаването на Кресненско-Разложкото въстание и разгрома на Охридското съзаклятие не угасят желанието на българите от Македония за свобода. Периодът от 1880 до 1893 г. на пръв поглед е един спокоен период без шумни изяви вътре в Македония. Всъщност този "спокоен" период ражда следващите бунтовни десетилетия. През този период българ. нация в Македония се консолидира окончателно около националните институции – Българската екзархия и българското училище. 

Въпреки неблагоприятните условия, при които работи, Екзархията успява да осъществи основната си задача – а именно да консолидира и организира българите, останали извън пределите на Княжеството. В земите под юрисдикцията на Екзархията разцъфтява българското учебно дело, което изживява криза след 1877-1878 г. 

Първата грижа на Екзархията е да спаси българското учебно дело от задушаващата прегръдка на Патриаршията. Турското правителство след дълги и упорити настоявания от страна на Екзарх Йосиф се съгласява да освободи българските училища от зависимостта на гърците, но ги поставя под свой контрол. 

Наред с Екзархията важна роля за развитието на учебното дело играят и българските църковни общини. Те представляват изборни обществени организации, които се грижат за църковните и учебни дела, уреждат възникнали спорове между населението и властта. 

Безспорно постижение е откритата през учебната 1885-86 г. Българска мъжка гимназия "Св. Св. Кирил и Методий" в гр. Солун. Тя се превръща в ковачница на българската интелигенция не само за поробените българи, но и за свободната българска държава. Преподаватели в Солунската гимназия са най-видните български педагози, учени и политици като Григор Пърличев, Васил Кънчов, Константин Величков, Димитър Страшимиров, Андрей Тошев и др. Най-видните възпитаници на българската солунска гимназия са: Гоце Делчев, Даме Груев, Пере Тошев, Тодор Лазаров, Христо Узунов, Борис Сарафов, Иван Михайлов и др. 

Няколко години по-късно в Солун отваря врати и Българската девическа гимназия "Св. Благовещение". В същия град е основана и търговска гимназия. Така Солун е един от малкото градове, в които има 3 българ. гимназии в началото на ХХ в.