Към края на 1922 г. войната между правителството на Стамболийски и ВМРО е вече факт. Македонската организация открито обявява земеделското правителство в национално предателство и продаване на Македония на сърбите. В стремежа си да се хареса на Сърбия Ал. Стамболийски си позволява да прави изявления, които звучат като кощунство спрямо паметта на двестата хиляди български воини, загинали за освобождението на Македония. Характерно за тази негова нетактичност е изявлението му пред сръбския вестник "Раднички дневник" през ноември 1922 г., когато той заявява следното: "Що се отнася до македонците, те са в по-голяма тежест на нас, отколкото на вас. Ние се борим енергично против тях, но нищо особено не можем, защото техният щаб е във вашата страна. Заловете ги и сте решили този въпрос. Ние не щем Македония. Нека ви е халал. Само вземете македонците, които са ни дошли до гуша, и направете, ако можете, от тях почтени и мирни граждани." 

Отношенията между земеделското правителство и ВМРО са изострени до такава степен, че революционната организация прави няколко опита, за да ликвидира членове на правителството. На 15 декември 1922 г. срещу автомобила на Райко Даскалов са хвърлени две бомби. На 4 февруари 1923 г. в Народния театър, в ложата, в която се намира правителството, е хвърлена ръчна бомба. И при двата случая само съдбата спасява земеделските водачи. 

На 7 май 1923 г. Министерството на вътрешните работи издава специална наредба за разпускане на всички легални македонски организации. 

На 9 юни правителството на Стамболийски е свалено с военен преврат. 

Все още се спекулира с твърдението, че ВМРО е участвала в преврата на 9 юни 1923 г. Фактите говорят друго. Представители на Организацията провеждат няколко разговора с полк. Никола Рачев и други от заговорниците. Организацията е знаела за готвения преврат, чиято подготовка е била едва ли не вече публична тайна, но директно участие в самия акт на 9 юни не взема. 

Събитията от юни 1923 г. се наблюдават с подчертан интерес от Москва. Кремълските стратези разчитат, че едни размирици в България ще бъдат повод за всеобща балканска социалистическа революция. Те много добре разбират, че спечелването на тяхна страна на ВМРО, която разполага с нужната въоръжена сила, може да ускори този процес в Гърция и най-вече в Югославия. Затова от Москва е наредено на БКП да смени незабавно отрицателната си политика спрямо ВМРО. 

От едни добри отношения със СССР Т. Александров разчита на моралната и материалната подкрепа на Съветска Русия. От своя страна Коминтернът смята да използва бойната сила на ВМРО като основен инструмент за подпалване на "пролетарската революция на Балканите". 

За пълномощник на ВМРО в преговорите със съветските представители във Виена в началото на 1924 г. е определен Димитър Влахов. Още преди пристигането на Александров и Протогеров в австрийската столица КГБ успява да вербува на своя страна Д. Влахов, а той внушава на третия член на ЦК Петър Чаулев, че в името на успеха на македонската кауза, ВМРО трябва да приеме предложенията и условията на Коминтерна. 

Т. Александров разбира, че основната цел на Москва е да превърне ВМРО в свое оръдие. На 1 май 1924 г. Тодор Александров заминава за Лондон, където има уговорени срещи с английски парламентаристи и политици. В отсъствието му Влахов и Чаулев успяват да се наложат над Протогеров и така се стига до подписването на 6 май 1924 г. на т.нар. "Майски манифест". Манифестът е съставен изцяло под внушението на Коминтерна и издига лозунги, които са далеч от истинската същност на борбата, която води ВМРО. 

Осъзнал голямата грешка, която е направил, Т. Александров веднага изпраща нареждане на Влахов в никакъв случай да не публикува манифеста в пресата. Влахов обаче вече открито е преминал в лагера на комунистите. Целта на Коминтерна е чрез подписите под Майския манифест да държи в шах ръководителите на ВМРО, като ги принуждава да правят отстъпки. 

Тодор Александров отказва да изпълни исканията на Москва и на 18 юли 1924 г. в "Балканска федерация", излизащ във Виена, отпечатва пълния текст на Майския манифест. Българското правителство е шокирано. И въпреки че от името на ЦК на ВМРО Александров и Протогеров дават опровержение, наричайки манифеста "мистификация и интрига на Коминтерна", в правителството остава големият страх от евентуална болшевизация на ВМРО. Объркани са и членовете на ВМРО и легалните бежански организации в България. Този момент се използва и от някои лични противници на Александров, които отправят остри нападки към него. 

На път за конгреса на Серския революционен окръг близо до с. Сугарево, Мелнишко, на 31 август 1924 г. е убит легендарният водач на македонските българи Тодор Александров. 

Убийците са известни – това са Динчо Вретенаров и Щерю Влахов – и двамата приближени на организатора на ВМРО в Петричкия окръг Алеко Василев. 

Убийството на Тодор Александров и до днес е забулено в мистерия. Много са заинтересованите от неговото премахване: комунистите и Коминтернът, определени министри в правителството на Цанков. 

От премахването на Александров е заинтересован и петричкия "паша" Алеко Василев. Алеко е знаел, че на предстоящия Серски конгрес Александров смята да постави въпроса за неговите злоупотреби, за които е събрал документи. 

Със смъртта на Т. Александров ВМРО губи своя обаятелен водач, а българската национална кауза в Македония – един непоколебим и незаменим борец. 

Световната общественост посреща с нескрито разочарование вестта за убийството на Тодор Александров. "Енциклопедия Британика" го характеризира по следния начин: "...Александров в продължение на много години бе некоронованият и абсолютен крал на българите македонци, които почти го боготворяха. Той бе една много фина фигура, висок, с черна брада и левент, и колкото коравосърдечен, толкова и храбър." 

Смъртта на Тодор Александров и самоизолирането на Петър Чаулев, поставят пред ВМРО редица проблеми, които трябва да бъдат решени. 

Постепенно тактиката на ВМРО започва да се променя. Намален е съставът на четите до необходимия минимум. Наредено е да се избягват големи сражения. Подготвят се предимно акции от демонстративен характер, главно нападения върху казарми, полицейски участъци или провинени служители на сръбската администрация и предатели. Тези акции се подготвят при по-голяма конспиративност и носят по-малък риск от разкрития и репресии срещу невинни граждани. 

През 1927 г. в Македония стават две големи разкрития, които сръбската власт използва, за да нанесе удар върху ВМРО. 

През 1927 г. много шум се вдига и около процеса срещу студентите, членове на ММТРО. 

Македонската младежка тайна революционна организация е създадена още през 1922 г. под прякото наблюдение на Тодор Александров. Нейната основна задача е да работи сред младежта в Македония, главно сред учениците и студентите за запазване на българското национално съзнание и достойнство. Тя възниква като реакция срещу засилената сръбска пропаганда и дейност сред младежта в Македония, целяща нейното по-лесно и бързо асимилиране. ММТРО също така подготвя сред младите хора кадри за Вътрешната македонска революционна организация. 

На 13 януари 1928 г. младата българка от Тетово Мара Бунева точно в 12,15 ч. на обяд с три куршума поваля в центъра на Скопие Велимир Прелич – човека, който ръководи инквизициите срещу студентите от ММТРО. Четвъртият куршум Мара Бунева насочва към гърдите си, за да не попадне жива в ръцете на полицията. 

Парижкият вестнки "Л`Йовр" нарича Мара Бунева "македонската Шарлота Корде". 

Сърбите са вкаменени. Ръката на възмездието, ръководена от ВМРО, застига провинените навсякъде. 

На 9 октомври 1934 г. в Марсилия един храбрец на име Владо Черноземски с няколко изстрела екзекутира сръбския крал Александър Карагеоргевич. На 9 октомври 1934 г. югославският крал Александър пристига на крайцера "Дубровник" в Марсилия на своето първо официално посещение във Франция. Целта е да се демонстрира пред света нерушимият съюз между двете страни. 

Атмосфера на нервност тегне над гостите и домакините. Върху бледото лице на краля е изписана умората от пътуването по бурното море и едно вътрешно напрежение – страх от покушение. Може би съжалява, че не е послушал камердинера си да сложи бронирана жилетка под мундира, както при посещението си в България. Барту се старае да потисне своето безпокойство. От няколко дни в Париж витаят слухове за възможен атентат. 

Кортежът се движи по средата на улица "Ла Канебер" със скорост на пешеходец. Тротоарите са запълнени с граждани. На места се чуват аплодисменти, на други – свиркания. Колоната вече навлиза в площада пред борсата. Часът е 4,20 след обяд. В този момент от тълпата между двама полицаи изкача добре облечен, с набито телосложение мъж, който притичва покрай коня на полковник Поле, викайки : "Вив льо роа!", скача на стъпалото на кралския автомобил и почти от упор стреля няколко пъти с револвера си срещу крал Александър, а след това и срещу Барту. Пръв се опитва да отблъсне атентатора генерал Жорж, но няколко изстрела го повалят на седалката. Шофьорът спира автомобила. В това време полковник Пиоле с бързо движение успява да успокои и обърне коня си и нанася със сабята си два удара върху атентатора, който пада върху паважа и продължава да стреля. Охраняващите полицаи също откриват огън по него. Настъпва неописуем хаос. Полицаите изтръгват от разярената тълпа атентатора, връзват му ръцете и го повличат към близкия участък, където го подлагат на разпит и побой. Това продължава до вечерта. Изпаднал в тежко състояние, той със сетни сили моли да го оставят, а да окажат първа помощ на пострадалите при покушението. 

Куршумите върху крал Александър се оказват смъртоносни. Още в автомобила той изгубва съзнание. Пренасят го в префектурата, където след няколко минути умира... 

Докато по страниците на редица европейски вестници, включително и някои български, се леят сълзи и се осъжда атентатът, отвъд Океана, в Америка, се чуват други безпристрастни гласове. Така във вестник "Ню Йорк пост" от 10 октомври 1934 г. американският писател Луис Адамик пише: "За да се отговори напълно за причините, които предизвикаха убийството на крал Александър, трябва да се напише цяла книга. Аз посетих всеки кът от кралството на Александър и в продължение на десет месеца бях под влиянието на две вълнения. Едното беше радостта ми пред неизразимо прекрасните области на Словения, Хърватско, Сърбия, Далмация, Босна, Херцеговина, Черна гора и Македония, всички от тях населени от забележително гостоприемни и щедри хора. Другото вълнение беше онова на мъката пред ужасната политическа агония и страшните икономически и социални условия, които са съдбата на този прекрасен народ. 

Вестник "Независима Хърватска държава" в броя си от 13 октомври пише: "Падна, защото трябваше да падне. Падна, защото беше злодей, какъвто земята ни по-рано не е познавала... Падна, защото кръвта, която той проля, кръвта на нашите бащи и водачи, на Радича, Шуфлая, Храниловича, Беговича, Солдина и Оребя и на хилядите загинали и убити, търсеше отмъщение... Сълзите, които проляха нашите майки за най-скъпите си рожби, вопълът на старците, болният писък на децата, измъчвани и поробени, не можеше да останат без наказание!" 

През април 1941 г. германските армии за една седмица разгромяват Югославия. Още преди капитулацията й, старите кадри на ВМРО са в пълна готовност. В Македония започват да се създават "Български акционни комитети". На 13 април 1941 г. в Скопие е създаден Централен български акционен комитет, който призовава цяла Македония да бъде присъединена към Царство България. 

На Великден 1941 г. българската войска тържествено влиза в Македония. Навсякъде българският войник е посрещнат като брат-освободител с хляб и сол, цветя и звън на черковни камбани. Всеобщата радост е помрачена само от факта, че западните краища на Македония – Дебър, Струга, Кичево, Тетово и Гостивар – остават под италианска окупация.

Бившите дейци на ВМРО заедно с представители на българската интелигенция в Македония започват сериозна пропагандна кампания за присъединяването на тези райони към обединена България. 

Българското правителство отделя колосални средства за подобряване жизнения стандарт на населението в Македония. Строят се нови училища и обществени сгради, прокарват се нови пътища и жп линии. Откриват се множество дребни предприятия и цехове, с което се създава работа на много хора, тъй като безработицата по времето на сръбското управление е най-сериозният социален проблем за Македония. В град Скопие е открит университет, а също така археологически и етнографски музей. 

Общо за устройството и напредъка на освободена Македония българското правителство изразходва за периода май 1941 г. – август 1944 г. колосалната за онова време сума 44 316 000 000 лева, което е равно на 42 на сто от целия бюджет на тогавашното българско царство. 

В цялата обновителна дейност българското правителство получава пълната подкрепа на бившите дейци на ВМРО и ММТРО. 

В териториите от Егейска Македония – Костурско, Леринско, Воденско, Солунско, - които остават в немската окупационна зона пак бившите четници и войводи на ВМРО с помощта и на няколко млади български офицери организират самозащитата на българското население срещу върлуващите гръцки партизански формации, които тероризират мирното селско българско население. Особено активна дейност развива организацията "ОХРАНА", която съумява да вдигне на оръжие няколко хиляди българи в Костурско. 

По време на ВСВ, когато кралска Югославия се разпада (април 1941 г.) различните течения в национално-освободителното движение на македонските българи, вкл.и Обл. парт. организация в гр. Скопие начело с Методи Шаторов, поддържат идеята за обединение с България. Обл. комитет на партийната организация в Скопие установява организационни връзки с БРП и се присъединява към нея. Тогава югославското ръковдство разтуря комитета и под неговия натиск Ком. интернационал взема решение (авг. 1941 г.) Скопската обл. парт. организация да се върне организационно към Югославск. ком. партия. Така бъдещето на Вардарска и Егейска Македония се предрешава още в началото на ВСВ, т.е. те да останат и по-нататък в границите на тези държави, които ги владеят по силата на Ньойския мирен договор от 1919 г. На заседание на Антифашисткото събрание за народно освобождение на Югославия в гр. Яйце през ноември 1943 г., без да присъстват делегати от Македония и без тяхното съгласие, е взето решение в бъдещото федеративно устройство на Югославия Вардарска Македония да бъде една от нейните федеративни републики. Като реакция, Нац. комитет на ОФ в България изразява в декларация от дек. 1943 г. несъгласието си с решението в Яйце и издига лозунга на ВМРО за създаване на независима Македония. Окончателното уреждане на въпроса, според декларацията, обаче трябва да се реши от трите ком. партии след приключването на войната и свободното самоопределение на населението. Като потъпква стремежите и волята на македонското население, на 2 август 1944 г. Югославската ком. партия свиква заседание на Антифашисткото събрание за нар. освобождение на Македония в манастира "Прохар Пчински", на което от избраните 115 делегати присъстват около 60 души, и провъзгласява създаването на Република Македония в състава на бъдеща федеративна Югославия. Освен това Югосл. ком. партия възприема ненаучната теория на великосръбската буржоазия – македонизма.